藥師咒：

　　南謨薄伽伐帝，鞞殺社窶嚕，薜琉璃，缽喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，娑訶！

　　藥師咒釋義：

　　南無 --皈依禮敬，有時簡短說【皈命】。

　　薄伽伐帝 --即是【世尊】“薄伽梵”另一音譯。因此念時帝音是輕聲的 t音。

　　鞞殺社 --“社”字發(fā)音現(xiàn)在有人注為“及牙--連音”，其實社字用臺語發(fā)音（西牙連音）就很正確了。意思是【藥】。

　　窶嚕 --【師】現(xiàn)在也用“古魯”。

　　薜琉璃 --這句也音譯為“排都里牙”，即是【琉璃】。

　　缽喇婆 --【光】的意思。

　　喝啰阇也 --【王】，因為藥師佛為東方七佛之首（這依世尊提及的順序而列）。

　　怛他揭多耶 --【如來】（也譯“打他噶打牙”）。

　　阿啰喝帝 --【應(yīng)供】。

　　三藐三勃陀耶 --【正等正覺】。

　　怛侄他 --【即是】也譯為“所謂”。

　　唵--身語意【三身皈命】，即“真正的咒心”，真言門用來啟動咒語之用。

　　鞞殺逝、鞞殺逝--【藥、藥】，“逝”（讀音“接”）為多數(shù)詞連用時的變音

　　鞞殺社 --【藥】，單用或連用一字時的結(jié)束詞。

　　三沒揭諦 --【自度度他】。“沒”字音為“墨”字，有譯為“母爾”。

　　娑訶 --【圓滿達(dá)成】。也譯為梭訶，或其它如“娑婆訶”等。

　　所以整句咒的意思是∶

　　【皈命世尊藥師琉璃光王如來應(yīng)供正等正覺，即是三身皈命藥、藥、藥，自度度他，圓滿達(dá)成】

　　所以藥師如來有三種藥，身藥、語藥、意藥，身藥找醫(yī)師，語藥靠慈悲，意藥便是清凈心，三藥能去病，三業(yè)障難自然消除，是不是很有道理？